A ideia central que orienta este artigo é a de oferecer uma visão geral sobre a importância dos fatores que atuam na geração dos padrões espaciais e temporais da organização de comunidades biológicas em ambientes lóticos. Outro objetivo visado é a discussão de aplicações dos estudos de diversidade biológica na conservação de riachos. Riachos são ambientes naturalmente hierárquicos e heterogêneos, e uma vez que as comunidades são controladas tanto por fatores ambientais locais como por fatores regionais, os componentes da diversidade biológica (diversidade alfa, beta e gama) são fortemente afetados pela combinação destes fatores nas múltiplas escalas espaciais existentes. Dentre os fatores ambientais, ressalta-se o papel chave exercido por variáveis físicas do ambiente, como velocidade da corrente e substratos. Há ainda outro fator pouco estudado em se tratando de riachos, especialmente no Brasil: a importância da modificação de habitats por “organismos engenheiros” como um dos principais mecanismos estruturadores das comunidades bênticas nesses ecossistemas.